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隨著中央流行疫情指揮中心5／15宣布雙北至5／28升級第三級警戒，同時規範全國休閒娛樂場所關閉、禁止進香團與遶境活動等，臺南市觀光旅遊局對轄管園區、旅服中心、旅宿及觀光遊樂業者、觀光管筏與載客小船等觀光產業，因應疫情發展提升相關防疫因應措施，藉以提升防疫警戒與佈局。
為加強防範措施，「黃金海岸方舟、左鎮化石園區旅服中心及虎頭埤蟋蟀生態館」宣布停止服務至5／28，而在臺南航空站、臺南高鐵站、臺南火車站、新營火車站及協同港務公司於安平港等五個重要旅客服務資訊點加強相關防疫宣導，針對轄管景區及景點進行相關人流及總量管制500人以下。
在室內部分，德元埤荷蘭村室內空間人數管制(餐廳20人、展覽場12人、旅服中心8人)、雙春濱海遊憩區室內空間人數管制(餐廳30人、商品部35人)、龜丹溫泉體驗池園區入場人數管制450人，若超過管制數量，則採一出一進方式執行入園或請遊客轉往其他景點。
另外，也將加強園區及業者營業空間之環境消毒作業，同時請遊客落實全程配戴口罩、勤洗手、配合體溫量測、實聯制作業、保持社交安全距離等，設有餐飲區部分，則採隔板設置或梅花座方式管制；在觀光管笩及載客小船室內候船區及船筏座位也將採梅花座方式管制。
